Fragagnano fu scelto come sito per le loro capanne circolari, già dagli uomini preistorici di epoca neolitica, all’incirca nel 3000 Avanti Cristo. Lo testimoniano i reperti trovati negli scavi sul monte S. Sofia, oramai inglobato nell’attuale centro urbano. Altri scavi, effettuati precedentemente in contrada Cazzato, a qualche chilometro dal paese, hanno riportato alla luce molti altri frammenti di ceramiche della stessa era.
Venne abitato certamente anche in epoca greca, perchè il sito essendo elevato, ben difeso dalla natura e provvisto di acqua sorgiva, costituiva una ottima condizione abitativa. Ancora oggi dalle rocce circostanti il monte S. Sofia sgorga la funtanedda. Certamente la sua posizione geografica, a metà strada tra i messapi di Manduria ed i greci di Taranto, unita alla fertilità della valle lungo l’attuale arteria SS 7 Ter, avrà creato in quei tempi non pochi problemi e conflitti di appartenenza. Ma di tutta questa storia, lunga millenni, non ci è rimstao nulla, tranne il monte, dove si sta tentando ora di leggere a grosse linee quegli avvenimenti osservando le pietre, con l’aiuto dei tecnici della Sovrintendenza ai Beni Culturali.
Nel 1905, in località Mancini furono rinvenute 313 monete appartenenti alle zecche di Taranto, Metaponto e Turio del 313 a.c. (cfr. Carducci, pag. 34) e questo certifica la frequentazione di queste terre nel tempo della civiltà magnogreca.
Ma furono i romani a darne l’attuale nome. Infatti il sito è vicinissimo all’antico tracciato dell’Appia antica, l’ultimo tratto di quella grande arteria che partendo da Roma univa nel suo ultimo sforzo Tarentum con Brundisium, porto dell’Impero verso l’Oriente. Naturalmente, tutti i soldati che facevano la spola tra l’Italia e le colonie, passavano da qui. Ci sarà passato anche Cesare. E anche Cleopatra. È ancora visibile la traccia profonda lasciata dai carri nella roccia in contrada Pozzo Uelo, dove è ben riscontrabile un complesso sistema viario a doppia corsia e deviazione, in prossimità di un pozzo scavato nella roccia, miracolosamente salvo, con annessi abbeveratoi per i cavalli e per i soldati. Insomma una statio romana. Sono in una fase di studio approfondimenti. E Pirro, con soldati ed elefanti, venuto dall’Epiro (l’attuale Albania) per combattere i romani che assediavano Taranto, non è forse anch’egli passato da queste strade?
Verosimilmente il toponimo deriva dal gentilizio romano Freganius, nome di un personaggio a cui furono affidate queste terre o per meriti personali o per ragioni militari. Era consuetudine presso i romani.
Il passaggio della dizione da Freganius a Freganianus, poi è ottenuto con l’aggiunta del suffisso anus che significa appartenenza. Nella cartografia del Settecento, è ancora riportato Fregagnano, con la e. Ma nella forma dialettale moderna è in uso solo la dizione con la a. Infatti, si dice Fragnano e con Fregnano. A testimoniare l’epoca romana, c’è un tesoretto di quattro monete di epoca repubblicana rinvenute da un contadino nel 1904 in un terreno vicino ad un monte, attualmente custodite nel Museo nazionale di Taranto e c’è anche una stele funeraria, scritta in latino, rinvenuta in un campo nei dintorni della zona archeologica, che era stata riutilizzata come architrave sulla soglia di un vecchio trullo.
